在燃烧军团入侵阿森维尔期间，被关了一万年的伊利丹从坟冢监狱被释放出来。尽管他试图满足同伴，但还是很快露出本来面目并吸收了名为古尔丹头骨中的能量，那是拥有强大力量的术士宝物。这样，伊利丹具有了恶魔之躯和强大的力量。他也得到了一些古尔丹古老的记忆——尤其关于萨格拉斯之墓的，传说那个岛地下城中存放着黑暗泰坦萨格拉斯的尸体。

　　充满力量并重获自由的伊利丹再一次踏上漫游世界的旅程，他要寻找一个可以实施自己伟大计划的地方。然而，基尔加丹找到了伊利丹，给他一个难以拒绝的命令。基尔加丹对阿克蒙德在海加尔山被击败感到非常恼火，但他有比复仇更重要的事情做。感觉到他创造的生物巫妖王的力量日渐强大，难以控制。基尔加丹命令伊利丹去毁灭纳祖并消灭所有不死天灾。作为交换条件，伊利丹可以得鲜为人知的力量并在残存的燃烧军团领主中获得一席之地。
   
　　伊利丹同意了，立即动身去毁灭冰封王座——巫妖王灵魂居住的冰晶体。伊利丹清楚他需要强大的宝物毁灭冰封王座。运用他从古尔丹记忆中获取的知识，伊利丹决定找到萨格拉斯之墓，获得黑暗泰坦的遗物。他召唤了古老的海伯恩的残余并从黑暗的海下巢穴中把蛇型那加引诱出来。那加在狡猾的女巫瓦斯带领下，帮助伊利丹到达了传说中萨格拉斯之墓所在的破碎之岛。　　伊利丹和那加出发后，典狱长玛维·影之歌开始追捕他。玛维看守了伊利丹一万年，现在要再次把他抓获。然而，伊利丹设计逃脱玛维和她的狱卒的追捕，成功地得到了萨格拉斯之眼。带着它，伊利丹来到了从前的巫师城市——达拉然。在城市土地能量线的辅助下，伊利丹用萨格拉斯之眼对巫妖王的位于遥远诺斯然的的冰冠老窝施了毁灭性的法术。伊利丹轻而易举地击溃了巫妖王的抵抗，打破了世界屋脊。在最后关头，赶来协助玛维的他的兄弟马欧弗容恩和女祭祀泰兰德，阻止了伊利丹的毁灭性法术。　　深知基尔加丹对他毁灭冰封王座失败的不满，伊利丹逃到了荒凉的外域：君诺大陆最后的残余，兽人从前的家乡。在那里他躲避基尔加丹的愤怒，计划下个步骤。在成功阻止伊利丹后，马欧弗容恩和泰兰德回到阿森维尔森林保护他们的人民。然而玛维没有轻易离开，他追随伊利丹到了外域，决定把他带回去审判。

　　与此同时，不死天灾把洛丹伦和奎欧沙拉斯彻底改造成了毒气弥漫的瘟疫之地。只有一小股联盟的抵抗力量留了下来。其中一群主要由高精灵组成，由太阳行者王朝最后的王子：凯尔萨斯领导。凯尔，本身就是名法力超群的巫师，逐渐意识到联盟的失败。高精灵为家园沦丧感到悲哀，为对死难的人民表示尊重，他们决定称自己为血精灵。尽管他们在绝境中全力防卫天灾，但与赋予他们法力的太阳之井切断联系使血精灵十分痛苦。为了要满足族人对魔力的依赖，凯尔做了不可思议的事：他投靠了海伯恩的先祖，加入了伊利丹和他的那加，目的是找到可以依靠的新的魔法力量。联盟指挥官指控血精灵为叛徒，将他们从善良阵营中驱逐。　　走投无路之下，凯尔和血精灵跟随伊利丹到了外域，在那加和血精灵联军的帮助下，伊利丹击败了一直在追捕自己的典狱长玛维，摆脱了她的纠缠。以外域为基地，伊利丹集聚力量发起了对巫妖王和他的冰冠要塞的第二轮攻击。

　　巫妖王纳祖知道他时日不多。在冰封王座的禁锢中，他怀疑基尔加丹会派人毁灭他。伊利丹强大法术的伤害已经使冰封王座破裂，因此，巫妖王的力量也日渐衰弱。为拯救自己，他召唤了最强大的仆人：死亡骑士阿尔萨斯王子。　　尽管自己的力量也随巫妖王的虚弱而渐渐流逝，阿尔萨斯还是挑起了洛丹伦的内战。在女巫西欧瓦纳斯带领下的一半不死军队政变，一举控制了不死帝国。在巫妖王的召唤下，阿尔萨斯被迫将不死天灾留给凯尔苏扎德掌管，战争扩散到了整个瘟疫之地　　最后，西欧瓦纳斯和她的反叛不死军队（被称为放逐者）占据了洛丹伦废弃的首都。在残破城市之上建立他们自己的防御工事，放逐者发誓要将凯尔苏扎德和他的走狗赶出这块大陆。　　决定拯救自己的主人，虚弱的阿尔萨斯抵达了诺森德却只发现伊利丹的那加与血精灵联军在等着他。他与奈如伯盟友要飞速赶到寒冰王冠冰河保卫冰封王座，而伊利丹的部队也在去那里的路上。

　　即使已经很虚弱，阿尔萨斯还是赶在伊利丹之前到达了寒冰王座。阿尔萨斯用手中的魔剑——霜之哀伤劈开了困住巫妖王的冰牢，并因此释放了纳祖的附魔头盔和胸甲。阿尔萨斯戴上了有着不可思议力量的头盔，成为新的巫妖王。纳祖和阿尔萨斯的灵魂融合在一起，变的无比强大。如纳祖所预料的，伊利丹和他的部队仓皇逃回外域。阿尔萨斯成为世界上最强大的魔物。　　现在，新的不朽巫妖王阿尔萨斯居住在诺森德，传说他正致力于寒冰王冠老巢的重建。他的得力助手凯尔苏扎德率领着瘟疫之地的不死天灾。西欧瓦纳斯和放逐者们龟缩在特瑞斯福林地，那只是被战争分裂的王国的一小部分。

　　尽管胜利属于他们，凡间的种族发现他们处于已经被战争破坏的世界中。不死天灾和燃烧军团毁灭了洛丹伦的文明，在卡利姆多也几乎完成了他们的侵袭。森林需要治愈，积怨需要抚平，家园需要重建。战争在每个种族身上留下了深深地创伤，从联盟和部落签定了脆弱的和约开始，他们已经无私地紧密团结在一起，为一个新的开始而努力。　　萨尔领导兽人前往卡利姆多大陆，在他们牛头人朋友的帮助下建立新的家园。为了纪念萨尔被谋杀的父亲，他们把这块土地命名为杜若塔。兽人们定居下来重建一度辉煌过的社会。现在恶魔的诅咒结束了，部落从好战尚武的整体变有些分散，专注于生存和繁荣而不是征服。在高贵的牛头人和狡黠的黑矛部落巨魔的协助下，萨尔和兽人们在自己的土地上开创新的纪元。　　剩余的联盟力量在吉安娜 普劳德摩尔带领下定居在卡利姆多南部。远离尘翻沼泽的东岸，他们建造了简陋的港口城市希拉莫。在那里，人类和矮人的联盟为了在这块经常威胁他们的土地上力求生存。尽管杜若塔和希拉莫的保卫者们签定了休战协议，但殖民地脆弱的和平不会持续太久。　　人类和兽人之间的和平在强大的联盟舰队到达卡利姆多后瓦解了。强大的舰队在海军上将戴林·普劳德摩尔（吉安娜的父亲）的指挥下，在阿尔萨斯毁灭王国前启航，已经在海上艰苦航行了几个月之久。普劳德摩尔上将在寻找他能找到的所有联盟幸存者。　　普劳德摩尔的舰队给这个地区的稳定带来了严重的威胁。作为第二次战争中知名英雄，吉安娜的父亲是部落坚定的敌人，而且他决定在兽人们站稳脚跟前毁灭杜若塔。

　　普劳德摩尔上将逼迫吉安娜作出可怕的决定：要么支持他与兽人战斗并背叛新建立起来的联盟，要么为了维持联盟与部落达成的脆弱的和平与他亲生父亲为敌。在灵魂的煎熬中，吉安娜选择了后者，她帮助萨尔击败了她疯狂的父亲。不幸地，在吉安娜来调解或证明兽人不再是嗜血的怪物前，普劳德摩尔上将战死沙场。被她的忠诚打动，兽人允许吉安娜的部队安全返回希拉莫的家园。